Jesi proverio veličinu fajlova, čisto da uhvatiš neki šablon kako ih seče?
Verovatno je u pitanju ograničenje file sistema, tj. to što si pomenuo vezano za FAT32. Njegovo ograničenje po pitanju veličine fajla je ja mislim 4GB. Proveri koji format ima tvoja kartica, pa ga promeni i probaj sa drugim.
Inače, prijateljski savet - bolje je da su fajlovi iseckani na manje, čak i manje od toga što ti imaš. Prvo, uzmi u obzir da ti za obradu video materijala u trajanju od X minuta treba više od X minuta. Treba sve to da pregledaš, pa onda da odabereš dobre i zanimljive kadrove, da to iseckaš i spojiš u jedan video... Sve to traži izuzetno mnogo vremena, i snimanjem dugih, neplanskih klipova samo si na pravom putu da dođeš u situaciju gde imaš masu snimljenog sadržaja, a premalo vremena da isti obradiš. Govorim iz ličnog iskustva, a i više puta su druge kolege potvrdile slično...
Drugo, ako jedan veliki fajl postane korumpiran iz bilo kog razloga, vrlo je moguće da gubiš sve, sav sadržaj. Ako je to naseckano na masu manjih fajlova, na neki način si bezbedniji...